Desde o ano de 1876, o território que compõe o atual município de Flores da Cunha, passou a ser colonizado por imigrantes italianos, oriundos especialmente do Norte da Itália. A maior leva de colonizadores estabeleceu-se entre os anos de 1878 e 1890, época em que foi fundado o primitivo povoado de São Pedro e, posteriormente, o de São José, que reunidos, nos idos de 1885, formaram a vila de Nova Trento.

Em 1890, por ocasião da elevação da antiga Colônia Caxias a condição de município, Nova Trento tornou-se a sede do 2º Distrito. Todavia, documentos afirmam que desde os primeiros anos do século XX, uma comissão formada por lideranças comunitárias locais, descontentes com a pouca atenção dada pelo município mãe, lutava insistentemente pela emancipação do distrito, o que só foi possível ver concretizado em 17 de maio de 1924.

Pouco mais de nove ano depois, em 21 de dezembro de 1935, através de um Decreto Municipal assinado pelo então Prefeito Heitor Curra, com autorização do Conselho Municipal, alterou a denominação do município de Nova Trento para o de Flores da Cunha. Foi uma homenagem ao então governador do estado General José Antônio Flores da Cunha, que, entre outras iniciativas beneficiou o município com a instalação do telégrafo, do Laboratório Bromatológico e com estudos para a construção de um ramal férreo entre Caxias do Sul e Nova Trento.

Dentre as características que marcam o município de Flores da Cunha, é de especial valor a preservação dos saberes e dos fazeres dos colonizadores e seus descendentes. A preservação do “talian”, a fartura gastronômica, as pequenas e prósperas propriedades rurais, a intensa religiosidade, os usos e costumes, próprios daqueles que fizeram a riqueza da região Nordeste do Rio Grande do Sul.

Flores da Cunha é o Município Maior Produtor de Uvas e Vinhos do Brasil.